血色星期一2潘朵拉之盒漫画,在使用中子弹的恐怖攻击行动「血色星期一」解决之后两年，绰号「猎鹰」的骇客高木藤丸不再接触电脑，并在一家咖啡厅打工。这时候，突然发生一起劫机事件，犯人使用毒气杀害驾驶员，并威胁要让飞机坠毁在国会议事堂，藉此要求政府释放恐怖组织「魔弹射手」的首领─火野亚勒赛。没想到劫机犯的其中一人，居然是藤丸的父亲─龙之介！